Dalam pertandingan leg kedua babak 16 besar yang dimainkan di Estadio La Rosaleda, Kamis (14/3/2013) dinihari WIB, Malaga membuka keunggulan di menit ke-43. Sepakan Isco dari luar kotak penalti menjebol gawang Porto dan memberi Malaga keunggulan 1-0 hingga babak pertama usai.
Di babak kedua, Malaga menambah keunggulannya. Sundulan Roque Santa Cruz usai menyambut sebuah sepak pojok memberi Malaga keunggulan 2-0. Skor ini bertahan hingga laga usai.
Dengan hasil ini, Malaga berhak lolos ke babak perempatfinal berkat keunggulan agregat 2-1. Di leg pertama lalu, Malaga menelan kekalahan 0-1 dari Porto.
